Podstawą prawną tworzenia sieci Natura 2000 są dwa akty prawne uchwalone przez Radę Wspólnot Europejskich: Dyrektywa Rady 79/409/EWG z 2 kwietnia 1979 roku w sprawie ochrony dzikich ptaków, zwana Dyrektywą Ptasią oraz Dyrektywa Rady 92/43/EWG z 21 maja 1992 r. w sprawie ochrony siedlisk przyrodniczych oraz dzikiej fauny i flory, zwana Dyrektywą Siedliskową. Przewidują one stworzenie systemu obszarów połączonych korytarzami ekologicznymi, czyli fragmentami krajobrazu zagospodarowanymi w sposób umożliwiający migrację, rozprzestrzenianie i wymianę puli genetycznej gatunków. Zadaniem sieci jest utrzymanie różnorodności biologicznej przez ochronę nie tylko najcenniejszych i najrzadszych elementów przyrody, ale też najbardziej typowych, wciąż jeszcze powszechnych układów przyrodniczych charakterystycznych dla regionów biogeograficznych.

W zasięgu terytorialnym Nadleśnictwa Włodawa funkcjonuje 7 Obszarów Natura 2000, a jest to: 4 obszary specjalnej ochrony (OSO) oraz 3 o znaczeniu dla Wspólnoty (OZW) w tym jeden to specjalny obszar ochrony siedlisk (SOO). Cztery z obszarów obejmują grunty w zarządzie Nadleśnictwa Włodawa.

Rozporządzeniem Ministra Środowiska z 2004 r. w sprawie obszarów specjalnej ochrony ptaków Natura 2000 zostały wyznaczone w zasięgu terytorialnego działania Nadleśnictwa Włodawa następujące obszary:

- Dolina Środkowego Bugu (PLB 060003),

- Uroczysko Mosty – Zahajki (PLB 060014),

- Zbiornik Podedwórze (PLB 060015),

- Polesie (PLB 060019).

        Dolina Środkowego Bugu zajmuje powierzchnię 28096,55 ha, z czego w zarządzie Nadleśnictwa Włodawa znajduje się 77,99 ha. Obszar stanowi odcinek doliny Bugu między okolicą miejscowości Gołębie, gdzie rzeka, płynąca przez terytorium Ukrainy staje się rzeką graniczną, a Terespolem. Na całym tym odcinku rzeka ma naturalny charakter, z licznymi meandrami i starorzeczami. Koryto jest głęboko wcięte, skarpy osiągają kilka metrów wysokości. Dolina rzeki zajęta jest przez łąki, miejscami niewielkie płaty zdegradowanych lasów nadrzecznych, kępy zarośli wierzbowych i pola uprawne. Jest to ostoja ptasia o randze europejskiej E67. Występuje tu co najmniej 27 gatunków ptaków z Załącznika I Dyrektywy Ptasiej, 10 gatunków z Polskiej Czerwonej Księgi. W okresie lęgowym obszar zasiedla co najmniej 1% populacji krajowej następujących gatunków ptaków: błotniak łąkowy, bocian biały, derkacz, dzięcioł białoszyi, rybitwa białowąsa, rybitwa czarna, zimorodek, brodziec piskliwy, krwawodziób, rybitwa białoskrzydła, rycyk. W stosunkowo wysokim zagęszczeniu występują: bąk, błotniak stawowy, podróżniczek i jarzębatka oraz >5% krajowej populacji lęgowej brzegówki. Obszar ten charakteryzuje się bogatą florą roślin naczyniowych, z wieloma gatunkami rzadkimi i zagrożonymi w Polsce.

         Uroczysko Mosty – Zahajkizajmuje powierzchnię 5061,74 ha, z czego w zarządzie Nadleśnictwa Włodawa znajduje się 1993,61 ha. Obszar obejmuje dwa sąsiadujące ze sobą, niezbyt głębokie zbiorniki retencyjne położone w zlewni Hanny, dopływu Bugu i Zielawy, wpadającej do Krzny, otoczone lasami mieszanymi i olsami. W sąsiedztwie zbiorników znajdują się też pola orne i pastwiska. Około 30% powierzchni zbiorników porośnięta jest szuwarami i zaroślami wierzbowymi. Na zbiornikach prowadzona jest gospodarka rybacka. W ostoi występuje co najmniej 21 gatunków ptaków z Załącznika I Dyrektywy Ptasiej, 8 gatunków z Polskiej Czerwonej Księgi. W okresie lęgowym obszar zasiedla co najmniej 1% populacji krajowej następujących gatunków ptaków: puchacz, rybitwa białowąsa, rybitwa czarna.

         Zbiornik Podedwórzezajmuje powierzchnię 283,71 ha i swoim zasięgiem nie obejmuje gruntów zarządzanych przez Nadleśnictwo Włodawa. Do obszaru należy zbiornik retencyjny Podedwórze, wchodzący w skład systemu Kanału Wieprz – Krzna oraz otaczające tereny leśne, rolne i podmokłe łąki. Dwa duże cieki wodne terenu to Zielawa i Kanał Wieprz – Krzna. Lesistość obszaru wynosi około 30%, z czego połowa to olsy i siedliska grądowe. Na obszarze występuje co najmniej 15 gatunków ptaków z Załącznika I Dyrektywy Ptasiej, 6 gatunków z Polskiej Czerwonej Księgi. Jest to jedno z nielicznych w Polsce stanowisk lęgowych podgorzałki. W okresie lęgowym obszar zasiedla co najmniej 1% populacji krajowej następujących gatunków ptaków: bączek, podgorzałka, puchacz. Stosunkowo dużą liczebność osiąga tu bąk.

         Polesiezajmuje powierzchnię 18030,91 ha, z czego w zarządzie Nadleśnictwa Włodawa znajduje się 6,80 ha. Obszar ten obejmuje fragment Polesia Lubelskiego, na którym dominują równiny torfowe, wśród których położone są zarastające jeziora i obszary bagienne, rozdzielone niewielkimi wzniesieniami. Wiele terenów jest stale podtopionych, o charakterze naturalnym. Krajobraz jest wybitnie równinny. Torfowiska reprezentują wszelkie typy tego siedliska, od torfowisk wysokich, poprzez przejściowe do niskich. W ostoi występuje co najmniej 28 gatunków ptaków z Załącznika I Dyrektywy Ptasiej, 10 gatunków ujętych w Polskiej Czerwonej Księdze. Jest to jedno z nielicznych w Polsce stanowisk lęgowych podgorzałki oraz ważna ostoja bąka i dubelta.

        W 2008 r. w zasięgu działania terytorialnego Nadleśnictwa Włodawa zostały wyznaczone dwa obszary mające znaczenie dla wspólnoty:

- Krowie Bagno (PLH 060011),

- Poleska Dolina Bugu (PLH 060032).

        Krowie Bagno zajmuje powierzchnię 535,24 ha i w skład jego zasięgu nie wchodzą grunty zarządzane przez Nadleśnictwo Włodawa. Obszar obejmuje wschodnią część rozległego kompleksu wodno – torfowiskowego Krowie Bagno. Są to pozostałości jednego z największych niegdyś w polskiej części Polesia, kompleksu torfowiskowego. Znajdują się tu cztery, zanikające, eutroficzne jeziora: Laskie, Lubowierz, Lubowierzek i Hańskie, otoczone przez silnie zakrzaczone torfowiska niskie i przejściowe. Krzewy i drzewa, głównie liściaste, porastają ok. 15% obszaru. W pobliżu Jeziora Hańskiego przepływa rzeka Krzewianka. Jeziora i przyległe do nich torfowiska otoczone są rozległymi, ekstensywnie użytkowanymi łąkami, wykształconymi na zmeliorowanych w latach 1960 torfowiskach. Około 50% obszaru zajmują rodzaje siedlisk z Załącznika I Dyrektywy Rady 92/43/EWG. Spośród 6 zidentyfikowanych rodzajów najcenniejsze są łąki trzęślicowe. Znajdują się tu też stanowiska rzadkich i zagrożonych w Polsce roślin naczyniowych, w tym objętych ochroną prawną. Stwierdzono tu 3 gatunki motyli z Załącznika II Dyrektywy Rady 92/43/EWG. Jest to ważny węzeł ekologiczny na trasie kontaktu kompleksu głównego Poleskiego Parku Narodowego z Bagnem Bubnów i Sobiborskim Parkiem Krajobrazowym. Fragmenty obszaru ostoi przewidywane są do wykupu z rąk prywatnych i poddania procesom renaturalizacji. W zatwierdzonym w 1999 r. planie ochrony PPN teren był wskazany do włączenia do Poleskiego Parku Narodowego.

        Poleska Dolina Bugu zajmuje powierzchnię 8173,30 ha z czego w zarządzie Nadleśnictwa znajduje się 58,70 ha. Obszar położony jest w dolinie rzeki Bug, przepływającej przez Polesie Zachodnie, w rejonie miejscowości Skryhiczyn na południu, Husynne, Hniszów, Stulno oraz Dołhobrody i Jabłeczna w części północnej. Wyznacza granicę państwową pomiędzy Polską i Ukrainą. W ostoi znalazła się lewobrzeżna część doliny. Obszar składa się z 6 części obejmujących najcenniejsze przyrodniczo i wybitnie atrakcyjne krajoznawczo odcinki doliny środkowego Bugu. Rzeka ma tu charakter naturalny, z licznymi meandrami i starorzeczami, rozległymi kompleksami wielogatunkowych, ekstensywnie użytkowanych łąk, wśród których znajdują się łagodne, piaszczyste wzniesienia z murawami ciepłolubnymi, a w obniżeniach terenu – płaty łęgów i zarośli wierzbowo – topolowych. Lokalnie, na niewielkich powierzchniach występują bardzo interesujące łąki kalcyfilne. Dolina Bugu jest jedną z niewielu zachowanych w stanie nie zmienionym dolin dużych rzek europejskich. Poleski odcinek obejmuje najcenniejsze zespoły ekstensywnie użytkowanych łąk, z licznymi starorzeczami. Zidentyfikowano tu łącznie 7 rodzajów siedlisk z Załącznika I Dyrektywy Rady 92/43/EWG, które zajmują 70% obszaru. Obszar obejmuje także biotopy wielu gatunków owadów, płazów i drobnych ssaków, występujących tu w bogatych populacjach. Ogółem stwierdzono tu 14 gatunków z Załącznika II Dyrektywy Rady 92/43/EWG, w tym 7 gatunków motyli. Obszar ma też bogatą ornitofaunę. Cała dolina Bugu jest uważana za korytarz ekologiczny o randze europejskiej. Zagrożenie stanowią zanieczyszczenia wód Bugu, projekty zalesiania znacznych powierzchni łąk i muraw w dnie doliny, plany zagospodarowania rekreacyjnego starorzeczy w rejonach sąsiadujących z większymi wsiami letniskowymi.