W ramach ochrony różnorodności biologicznej w ekosystemach leśnych wyznacza się tzw. powierzchnie referencyjne – ostoje organizmów roślinnych i zwierzęcych, w których nie planuje się żadnej ingerencji a wszelkie procesy mają przebiegać w sposób naturalny. Są to zazwyczaj niewielkie powierzchnie, na których szczególnie chronione są drzewa martwe, ulegające rozkładowi. Ich wyznaczanie związane jest z kryterium 6.4. Zasad i Kryteriów Dobrej Gospodarki leśnej FSC (z ang. Forest Stewardshship Council). Na terenie Nadleśnictwa Włodawa powierzchnie referencyjne wyznaczono na powierzchni 7,20 ha (Obręb Wisznice oddz. 124f, g, h; Obręb Włodawa oddz. 401a, n) co stanowi 0,03% wszystkich jego gruntów.
Lasy HCVF – czyli lasy o szczególnych wartościach przyrodniczych (z ang. High Conservation Value Forest). Poniżej w formie tabelarycznej zestawiono powierzchnię lasów HCVF w Nadleśnictwie Włodawa.

Kod HCVF / Nazwa HCVF / Powierzchnia / (Ilość wydzieleń) Lokalizacja

1.1.2.
Obszary chronione w parkach krajobrazowych
5,64 ha
(5)
Obręb Kołacze: Obręb Kołacze: 214Aa, 214Ab, 214Ac, 214Ad, 214Af

1.2
Ostoje zagrożonych i ginących gatunków (ochrona okresowa i całoroczna)
1 529,81 ha
(393)
Strefy ochrony (całorocznej i okresowej):
Orlik krzykliwy – 14 stref ochrony
Bielik – 3 strefy ochrony
Bocian czarny – 8 stref ochrony
Puszczyk mszarny – 1 strefa ochrony
Puchacz – 2 strefy ochrony

3.1.
Ekosystemy skrajnie rzadkie i ginące, marginalne z punktu widzenia gospodarki leśnej (7110, 91D0 oraz 91E0 – w stanie zachowania A i B)
63,19 ha
(27)
Obręb Kołacze: 251c, 258l, 260l, 261c, 261g, 269c, 270b, 271d, 271g, 272a, 274f, 300b, 302d, 303c;
Obręb Wisznice: 124d, 124g, 124h, 417Aa, 417Ab, 417Ac, 425a, 425p, 425r, 425s, 425t, 425hx;
Obręb Włodawa: 401a.

3.2.
Ekosystemy rzadkie i zagrożone w skali Europy (siedliska przyrodnicze: 9170, 91F0, 91T0 – w stanie zachowania A i B)
467,42 ha
(84)
Obręb Kołacze: 81k, 92d, 92h, 146h, 146i, 147o, 151i, 166d, 168c, 175b, 185b, 205b;
Obręb Wisznice: 4a, 115a, 115d, 121f, 173b, 174d, 174j, 177h, 185g, 186c, 213l, 272d, 272f;
Obręb Włodawa: 7i, 11f, 12a, 12f, 12g, 15b, 15c, 17d, 17f, 18f, 18h, 18o, 20c, 22b, 22d, 22f, 22g, 24b, 24c, 24d, 27c, 29d, 29h, 34d, 34f, 35g, 35h, 35i, 39a, 39c, 39d, 40c, 40d, 40g, 40h, 40i, 41a, 41b, 56i, 71a, 96a, 105f, 120a, 121a, 122a, 128h, 129c, 129f, 135a, 136a, 137b, 137c, 138g, 139c, 139d, 147a, 169g, 169i, 183c;

4.1.
Lasy wodochronne
5 346,74 ha
(1578)
Obręb Kołacze: 1Aa, 1Ab, 1Ac, 1Ad, 1Af, 1Ag, 5b, 5c, 5d, 6b, 6g, 6h, 6i, 6j, 6k, 6l, 9d, 9f, 9k, 10b, 10c, 10g, 10h, 13h, 13i, 13k, 13m, 13n, 13o, 13t, 13w, 13x, 13y, 13z, 14a, 14b, 14k, 14l, 15a, 15b, 16a, 16b, 16Ad, 16Bd, 16Bf, 16Bg, 16Bw, 16By, 16Bz, 17a, 17b, 17c, 17d, 17f, 17g, 17h, 17i, 17j, 17k, 17l, 17m, 17n, 18a, 18b, 18f, 18g, 18h, 18i, 19b, 19d, 19g, 19h, 19i, 19j, 19k, 19l, 20a, 20b, 20c, 20d, 20i, 21a, 24b, 24c, 24f, 24g, 24i, 24j, 24k, 24l, 24m, 24n, 24o, 25a, 25b, 25g, 25h, 25l, 25m, 25n, 30b, 30c, 31a, 31b, 31f, 31i, 31j, 31l, 35a, 36d, 40i, 48a, 48b, 48g, 49b, 49d, 49f, 49g, 49h, 59d, 59g, 70a, 70b, 70c, 77b, 77c, 77d, 79g, 79h, 79i, 79k, 80b, 80c, 80d, 80g, 80h, 80i, 80k, 80l, 81a, 126d, 126f, 126g, 126i, 127a, 127b, 127c, 127d, 127g, 127h, 127i, 128b, 128c, 128d, 128f, 128h, 128j, 129a, 129b, 129c, 129f, 129h, 129i, 146f, 146h, 146i, 146j, 146k, 147a, 147b, 147c, 147d, 147h, 147i, 147j, 147k, 147l, 147m, 147n, 147o, 147p, 147r, 147s, 163a, 163b, 163c, 163d, 164b, 164d, 164g, 164h, 166a, 166b, 166c, 166d, 166k,166l, 166n, 166p, 167a, 167c, 167d, 167f, 167h, 167i, 167j, 168h, 168i, 16Ac, 184d, 185b, 185d, 198c, 198d, 198f, 198g, 198h, 198i, 198o, 204c, 217b, 217l, 222c, 222d, 222f, 222g, 222h, 222i, 222j, 223a, 223b, 223c, 223d, 223f, 225a, 225b, 225c, 225d, 225f, 226b, 226c, 226g, 226h, 229a, 229b, 229c, 229i, 229j, 229k, 235a, 235b, 235d, 235f, 236a, 236b, 236c, 236d, 236h, 242a, 242d, 242h, 243a, 243c, 243h, 243i, 243k, 244a, 244c, 245b, 245c, 245g, 246b, 246c, 246d, 246f, 246g, 246h, 246j, 246k, 246l, 247b, 247c, 247f, 247i, 248b, 248d, 248f, 248g, 248i, 252b, 252c, 253d, 253g, 253h, 253j, 255a, 255b, 255d, 255f, 255g, 255h, 255i, 255j, 255k, 255l, 255n, 255o, 255p, 259c, 259d, 259f, 259g, 259h, 260a, 260d, 260h, 260i, 260j, 260l, 261a, 261c, 261g, 262a, 262b, 262d, 262g, 263b, 269a, 269d, 269i, 269j, 269l, 270a, 270d, 270g, 270i, 271c, 271f, 271g, 272b, 273a, 273b, 273i, 273j, 273k, 275a, 275g, 275i, 276b, 276c, 276d, 276f, 276g, 276h, 276i, 276j, 276k, 277a, 277b, 277d, 277f, 277g, 277h, 277i, 278a, 278b, 279a, 279b, 279d, 279j, 280b, 280c, 280f, 280g, 280j, 280l, 280m, 280r, 281a, 281b, 281f, 281g, 282a, 282b, 282d, 282g, 282h, 282i, 282j, 283d, 283g, 283h, 283j, 283n, 284d, 284f, 284g, 285c, 285f, 285g, 285h, 285k, 286a, 286b, 286d, 286g, 286h, 286j, 287a, 287d, 287f, 287j, 287o, 287p, 288a, 288b, 288g, 288h, 288j, 288l, 289a, 289c, 289d, 289f, 289g, 289h, 289j, 289k, 289l, 291c, 291d, 291f, 291g, 291h, 292a, 292c, 292f, 293c, 293d, 293f, 293j, 294a, 294b, 294c, 294d, 294f, 294h, 295b, 295c, 296a, 296d, 296f, 296g, 296h, 298a, 298b, 298d, 298g, 298h, 298i, 298k, 299a, 299g, 300a, 300c, 300i, 300j, 300m, 301a, 301d, 301g, 301h, 301n, 301o, 302b, 302g, 302i, 302j, 303d, 304a, 305a, 305h, 306i, 307b, 307c, 307f, 308f, 311a, 311b, 311c, 312a, 312b, 312c, 312f, 312g, 313h, 313i, 313j, 313k, 313l, 313m, 316b, 316c, 316d, 316f, 316g, 317b, 317d, 319a, 319b, 320a, 320b, 320c, 320d, 320f, 320g, 321a, 321b, 321c, 321g, 322a, 322b, 322c, 322d, 322f, 322g, 323a, 323c;
Obręb Wisznice: 1a, 1b, 1c, 2a, 2b, 2c, 3a, 3b, 3c, 3d, 4a, 4b, 5a, 7a, 7b, 7c, 7d, 7f, 7g, 8a, 8d, 8f, 8g, 9a, 9b, 9c, 9d, 9f, 10a, 10b, 10c, 10i, 11b, 11c, 11d, 11f, 12a, 12b, 12g, 12i, 12j, 13a, 13b, 13d, 13g, 14a, 14c, 14f, 14h, 15c, 16d, 16f, 17a, 17b, 17f, 20b, 20d, 20f, 20h, 20i, 21a, 21b, 21d, 21h, 21i, 22c, 22d, 22f, 22g, 23a, 23b, 23c, 23d, 24a, 24b, 24c, 24d, 25j, 25l, 26a, 26b, 26f, 26g, 27d, 27f, 27g, 29a, 30a, 30d, 30f, 30h, 30i, 30j, 31a, 31b, 31c, 31d, 31g, 32a, 32b, 32c, 32f, 32g, 33b, 33c, 33d, 33g, 34a, 34b, 34c, 34d, 34f, 34g, 4h, 34i, 34j, 34k, 35b, 35c, 35f, 35g, 35i, 35m, 36a, 36b, 36c, 36f, 37a, 37b, 37c, 37d, 37f, 37g, 37h, 38a, 38b, 38c, 38d, 38f, 38g, 39a, 39b, 39c, 39d, 39f, 39i, 39k, 40c, 40g, 40h, 41a, 41b, 41f, 41g, 41h, 41i, 41j, 42a, 42b, 42c, 42d, 42f, 42i, 42j, 42k, 43a, 43h, 43i, 43m, 44a, 44b, 44f, 45a, 45b, 46a, 46b, 46c, 46f, 46g, 47a, 47b, 47c, 48d, 48f, 48g, 49a, 49b, 49f, 49g, 49h, 49i, 49j, 50a, 50b, 50c, 51a, 51b, 51c, 52a, 52c, 53a, 53b, 53c, 53d, 53f, 56a, 56c, 56d, 56f, 56g, 56h, 56i, 57c, 60a, 60b, 60c, 60d, 60h, 60i, 61c, 61d, 61f, 61g, 61h, 61i, 62a, 62b, 62c, 62d, 63b, 64a, 64b, 64c, 64d, 64f, 65a, 65b, 65c, 65g, 65h, 65i, 65j, 65k, 65l, 66b, 66c, 66d, 66h, 66i, 67a, 67b, 67c, 68a, 68c, 68d, 68f, 68g, 69a, 69b, 69c, 69f, 70a, 70d, 71a, 71c, 71d, 71f, 71g, 72a, 72b, 72d, 73a, 73c, 73d, 73h, 74a, 74b, 75b, 75d, 75f, 75g, 76a, 76d, 77b, 77d, 78a, 78c, 78d, 79a, 79b, 80a, 80b, 80c, 80d, 80f, 80i, 81a, 81b, 81d, 88a, 88b, 89a, 89b, 89c, 89f, 90a, 90b, 91a, 91b, 91d, 92c, 92d, 92f, 93a, 93b, 94b, 94f, 94g, 94h, 94i, 94k, 94l, 94m, 95b, 95c, 95d, 95g, 95h, 96b, 96c, 96d, 96f, 97a, 97b, 97c, 98a, 98b, 98c, 98d, 99a, 99d, 99f, 100a, 100b, 100c, 100f, 100g, 100h, 100i, 100j, 101a, 101b, 101c, 101d, 101f, 101g, 101h, 101i, 101j, 102a, 102b, 102c, 102d, 102f, 102g, 102h, 102i, 102j, 103a, 103b, 103c, 104a, 104b, 104c, 105a, 105b, 105c, 105d, 106c, 106d, 107a, 107b, 107c, 107d, 107f, 107g, 107i, 107j, 108c, 108f, 109a, 11a, 110d, 110g, 126c, 127a, 127b, 127f, 129a, 129b, 129c, 129d, 130a, 130f, 130h, 130i, 131d, 131h, 131j, 131k, 131l, 132d, 132f, 132g, 132h, 133a, 133b, 133c, 133d, 133f, 133g,133h, 135a, 135b, 135f, 135g, 135h, 135i, 136b, 136d, 136f, 136g, 136m, 136n, 136o, 138b, 138c, 138d, 139a, 139b, 139c, 142d, 142f, 143a, 143b, 143c, 143d, 143f, 143g, 144a, 144b, 144d, 144f, 144h, 145c, 146a, 147c, 148c, 152j, 152k, 152m, 152n, 152o, 152r, 153a, 153b, 153d, 153f, 153g, 154a, 154b, 155a, 155b, 155f, 156a, 156c, 157f, 158a, 158f, 158g, 158h, 158i, 161a, 161b, 161c, 161d, 161f, 161g, 161h, 161i, 161j, 161k, 163h, 163i, 163j, 163k, 164c, 164d, 164f, 164g, 164h, 164i, 164j, 164k, 164l, 164m, 164n, 164o, 164p, 164r, 164s, 164t, 165a, 165b, 165c, 165d, 165f, 165g, 165h, 165i, 166a, 166b, 166c, 166d, 166f, 166g, 166h, 166i, 166j, 166k, 166l, 166n, 166o, 166p, 166r, 167a, 167b, 167c, 167d, 167f, 167h, 167i, 167j, 167k, 168d, 168f, 168g, 168x, 168y, 169a, 169b, 169c, 169d, 169f, 169g, 170d, 170f, 170h, 171d, 171f, 171g, 171h, 173a, 173i, 173j, 174b, 174c, 174d, 174f, 174h, 174i, 174j, 175a, 175m, 176a, 176b, 176c, 176d, 177a, 177b, 177c, 177d, 177f, 177g, 177h, 177i, 177j, 177k, 177l, 177m, 177n, 177o, 178a, 178d, 178k, 179h, 179i, 179j, 179k, 179l, 179m, 179n, 179o, 179p, 179r, 180i, 180j, 180l, 180m, 180n, 180o, 181g, 182a, 182b, 182d, 182f, 182g, 182h, 182i, 182m, 182n, 183a, 185a, 185b, 185c, 185d, 185f, 185g, 186a, 186b, 186c, 187a, 187b, 187c, 187d, 187f, 188b, 188c, 188d, 189a, 189b, 189c, 189f, 189g, 189h, 190a, 190b, 190d, 190f, 190g, 190w, 190x, 191a, 191b, 191c, 191d, 191f, 193b, 193c, 193d, 194b, 195c, 195g, 196c, 196d, 196f, 196g, 196h, 196i, 197a, 197b, 197c, 197d, 197f, 198a, 198b, 198c, 198d, 198f, 198g, 198h, 198i, 198j, 199a, 199b, 199c, 199d, 199f, 200a, 200b, 200c, 200d, 200f, 200g, 200h, 200i, 200n, 201a, 201b, 201c, 201f, 203c, 203d, 203f, 204a, 204b, 204c, 204d, 204f, 204h, 205a, 205c, 205d, 205f, 205g, 205h, 206d, 206f, 206g, 206h, 206i, 206j, 206k, 206l, 206m, 207a, 207c, 208c, 208f, 208g, 209i, 209j, 209k, 209m, 213a, 213c, 213h, 213j, 213k, 213l, 214a, 214c, 214f, 214g, 215a, 215b, 215c, 215g, 215h, 215j, 215o, 215w, 217c, 217d, 217f, 217h, 217i, 217j, 217k, 217l, 218b, 218c, 218d, 218i, 219a, 219b, 219c, 219d, 219m, 219n, 220b, 220c, 220h, 220i, 222a, 222b, 222c, 222d, 222f, 222g, 222h, 223b, 225c, 225f, 225g, 225h, 225i, 225j, 226b, 226c, 226d, 226f, 226g, 226h, 226j, 226k, 230a, 230b, 230c, 230d, 230f, 230g, 230h, 230i, 230j, 232b, 232g, 233a, 233i, 234a, 235b, 235c, 235g, 247c, 247g, 248c, 264a, 264b, 264c, 264d, 265a, 265b, 265d, 266a, 267a, 267b, 267c, 267d, 267f, 267g, 269a, 269d, 269g, 269h, 270a, 270b, 270d, 271d, 274f, 278c, 278d, 279b, 28a, 28b, 28h, 28i, 28j, 281c, 281d, 281g, 282a, 285a;
Obręb Włodawa: 1a, 1b, 1c, 1d, 1f, 1h, 2a, 2b, 2c, 2d, 2f, 2g, 2h, 2i, 2j, 2k, 2l, 2m, 2n, 2o, 2p, 3a, 3b, 3c, 3d, 3f, 3g, 5a, 5b, 5d, 5f, 15g, 16c, 16d, 17b, 17c, 17d, 18a, 18b, 18c, 18g, 18j, 18k, 18l, 18n, 20f, 23f, 23i, 23j, 25b, 26a, 26b, 37d, 38b, 38c, 38d, 42d, 42f, 42g, 42h, 43c, 43d, 43f, 43i, 43j, 43k, 43l, 43m, 44b, 44d, 44f, 44h, 46a, 46b, 46h, 46i, 46j, 46k, 46l, 46m, 46n, 47a, 47b, 47f, 47g, 52a, 52b, 52c, 52f, 52h, 52i, 53b, 53d, 53f, 53g, 54d, 74a, 74b, 74c, 74d, 74f, 74g, 74h, 74i, 74j, 74k, 75a, 75b, 86d, 87c, 130a, 147d, 148c, 148d, 148f, 148g, 148h, 150d, 150h, 151a, 151b, 151d, 151f, 152a, 152b, 153h, 164b, 164c, 164d, 167b, 167c, 167d, 168a, 168b, 168c, 168d, 168f, 169b, 169c, 169g, 169i, 170a, 170b, 170c, 170f, 170g, 170i, 182a, 182b, 182c, 182d, 182g, 182j, 183a, 183b, 183c, 183f, 183g, 184a, 184c, 184d, 184f, 184g, 184j, 184k, 193g, 193h, 194a, 194b, 194c, 194d, 194h, 194i, 194k, 195b, 195d, 195g, 195i, 196a, 196d, 196f, 196h, 197l, 198c, 199d, 199h, 200d, 200f, 200i, 200j, 201f, 203b, 203c, 203d, 203f, 203g, 203h, 203i,

6.1.
Obiekty kultury materialnej i stanowisk archeologicznych
120,76 ha
(25)
Obręb Kołacze: 134d, 14g, 7h, 97d, 90b;
Obręb Wisznice: 273g, 137d;
Obręb Włodawa: 72a, 72f, 74d, 77a, 78a, 98d, 57h, 83b, 83d, 94c, 94f, 129d, 142a, 143a, 143c, 150h, 154g, 185a.